Слои желтого агата, так же, как и обычных агатов, состоят преимущественно из халцедона, окрашенного примесями, белого непрозрачного кварцина — тоже халцедона, но с другим направлением роста волокон, и полупрозрачных кварцевых включений, иногда расположенных слоями, а иногда образующих малюсенькие кристаллы внутри жеод. Халцедон, в свою очередь, тоже форма кварца — диоксида кремния, только скрытокристаллическая, менее прозрачная. 

В жёлтом кружевном агате очень много примесей лимонита — гидроксида железа. Именно он придаёт халцедону жёлтый цвет. Оранжевые и красноватые участки — тоже железо, но в форме оксида — гематита. Серые участки содержат примеси марганца, самые светлые — неокрашенный примесями кварц, кварцин или халцедон. 

Примеси могут окрашивать слои в фазе роста минерала, когда новый слой кремнезёмной массы уже содержит некоторое количество железа, или позднее, когда растворы проникают в микротрещины и окрашивают уже застывший халцедон. Окраска в этих случаях выглядит по-разному. Часто в одном куске агата есть и те, и другие слои, что только увеличивает сложность и многообразие его рисунка. 

У жёлтого агата обычная для кремнезёмов твёрдость – 7 по шкале Мооса. Это значит, что его очень трудно поцарапать стеклом, невозможно сталью, а обрабатывается он только алмазом. Агаты очень распространены на Земле, но «кружевные» камни добываются только в нескольких местах – Мексика, Южная Америка, Мадагаскар.

Жёлтый агат называют «камнем веселья». Считается, что он способен развеять тревоги, добавить оптимизма, помочь принять перемены и справиться с непредсказуемыми ситуациями легко и без стресса.  Это символ уверенности и удачи, творческих и созидательных сил, харизмы и энергичности. Жёлтый агат связывают с выбором верного пути в хитросплетениях жизненных трудностей.