Желтый цвет природного кварца обусловлен наличием в структуре минерала трехвалентного железа или трехвалентного алюминия. Аметисты и раухтопазы при нагревании и облучении могут приобретать желтый цвет, поэтому, вероятно, в природе цитрин также образуется в силу геотермальных процессов. При этом из аметиста получаются цитрины более теплых чуть красноватых оттенков, а из раухтопазов — чуть зеленоватые, железистые и алюминиевые соответственно.

Аметист и дымчатый кварц не только ближайшие родственники цитрина, но часто и соседи — ведь они отличаются только характером примесей, обуславливающих окраску минерала. Иногда кристаллы цитрина срастаются с аметистом и раухтопазом и получаются гибридные кварцы. Природный кварц, в котором присутствуют и фиолетовые и желтые оттенки называют аметрин.

Как и любой кварц цитрин довольно твердый —  6-7 баллов по шкале Мооса, его не царапает сталь, стекло только если с усилием, а обрабатывается он алмазом. Цитрин как и аметист может выцветать под длительным действием ультрафиолетовых лучей, поэтому оставлять его лежать под ярким солнечным светом не рекомендуется.

Еще в Средние Века цитрин стяжал себе славу “Камня Торговцев” — считалось, что он способствует финансовому успеху и помогает легче вести сложные переговоры. Его ассоциируют с солнечной энергией, наполняющей человека физическими и душевными силами, радостью и избавлением от страхов. Ясность мысли и внимательность, целеустремленность и уверенность в себе — вот характеристики, которые связывают с этим камнем.